Ogni ATS adotta l'organizzazione interna più idonea alla propria realtà territoriale, sottoponendola all'approvazione della Giunta regionale, previo parere della competente commissione consiliare, articolandosi nei seguenti dipartimenti:
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Dipartimento Amministrativo, di Controllo e degli Affari Generali e Legali
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Dipartimento Programmazione, Accreditamento, Acquisto delle Prestazioni Sanitarie e Sociosanitarie (PAAPSS)
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Dipartimento Programmazione per l'Integrazione delle Prestazioni Sociosanitarie con quelle Sociali (PIPSS)
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Dipartimento Veterinario e sicurezza degli alimenti di origine animale
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Dipartimento Igiene e Prevenzione Sanitaria